可能好几方面的原因：
1、声音文件，是否损坏
先看下确认下你关机音乐（系统自带的）是不是被损坏了，控制面板——声音和音频设备——声音—，找到程序事件中的“退出windows",再将声音一项的下拉菜单选（无），确定。如果这样子能关机了那就是那个音频文件被损坏。我也出现过这种情况，就是这样子关不了机。检查这个文件是不是损坏不能直接找到并播放，看是不是能播放，我试过能放，也不知道这是什么个情况，现在我也只知道这个方法来确认！
2、硬件设备，是否兼容
大家知道Windows 98操作系统具有快速关机功能，利用该功能能有效地降低关机等待时间，不过该功能很容易与计算机系统中的某些硬件设备发生不兼容现象，这样一来就容易造成计算机在执行关机操作时，发生系统无法响应的现象。因此，一旦你遇到无法关机的现象时，你可以重新启动计算机系统，然后依次单击“开始”/“运行”命令，在弹出的运行对话框中，执行“Msconfig”命令，在随后打开的配置窗口中，选中“高级”标签，并将该标签页面的“快速关机”功能关闭掉。之后，再执行关机操作，看看此时的计算机是否能正常关机，要是能够关机的话，就说明计算机中的确存在硬件设备不兼容的现象。为了确保日后能顺利关机，你就必须将“快速关机”功能设置为禁用。
3、电源管理，是否正常
有时计算机的高级电源管理功能也会造成系统无法正常关机的故障，为此我们也有必要检查一下系统的高级电源管理功能是否正常。在检查电源管理功能是否与无法关机有关时，可以依次单击“开始”/“程序”/“管理工具”/“计算机管理”命令，在弹出的管理窗口中，依次展开“系统工具”/“设备管理器”选项，在图2界面的右边子窗口中，展开“系统设备”选项，然后在“高级电源管理”设置项中，将“启用电源管理”选项取消掉；之后，再尝试着关闭计算机，要是能够关闭成功的话，就说明关机故障与电源管理有关。要消除这种现象，唯一的办法就是禁止启用电源管理功能了。
4、核心文件，是否受损
也许你常常会遇到这样的现象，明明是刚刚启动计算机，可是计算机屏幕上却莫名其妙地出现“你可以安全地关闭计算机了”的提示，或者是在执行关闭操作之后，计算机却变成了重新启动的现象。这种故障多半是由于Windows系统的核心启动文件Wininit.exe或Vmm32.vxd发生了损坏，此时你可以从Windows安装光盘的压缩包中重新将这两个文件提取出来，然后将它们复制到“Windows”下面的“system”子目录中；为防止Vmm32.vxd文件再次发生损坏，你可以将Vmm32.vxd文件再备份一下。在提取核心文件时，可以依次单击“开始”/“程序”/“附件”/“系统工具”/“系统信息”命令，然后依次执行菜单栏中的“工具”/“系统文件检查器”命令，再选中“从安装光盘中提取一个文件”，然后输入需要提取的文件名字，例如“Vmm32.vxd”或“Wininit.exe”，最后单击“确定”按钮就可以了。
此外，在Windows 98系统中，还要检查Config.sys和Autoexec.bat文件是否发生了冲突，你可以通过专业的文本查看工具，来检查这些文件的内容是否包含有多余的命令，或者是否有冲突的内容。
5、CMOS设置，是否正确
如果CMOS参数设置不当的话，Windows系统同样不能正确关机。为了检验是否是CMOS参数设置不当造成了计算机无法关闭的现象，你可以重新启动计算机系统，进入到CMOS参数设置页面，将所有参数恢复为默认的出厂数值，然后保存好CMOS参数，并重新启动好计算机系统。接着再尝试一下关机操作，如果此时能够正常关闭计算机的话，就表明系统的CMOS参数设置不当，你需要进行重新设置，设置的重点主要包括病毒检测、电源管理、中断请求开闭、CPU外频以及磁盘启动顺序等选项，具体的参数设置值最好要参考主板的说明书，如果对CMOS设置不熟悉的话，只有将CMOS参数恢复成默认数值，才能确保计算机关机正常。
后面几种情况我还没有碰到过，也不想碰到，但是希望对楼主有帮助。
还有一点就是关机前看看是不是所有的应用程序都已经关了，因为有些程序开着的时候是关不了机的，我也碰到过一种，就是魔兽争霸的显血和改键工具（warkey实用精简版2.1，这个是个绿色应用程序），楼主自己确认一下！
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